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定植后用50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液灌根，每隔20~30天1次。一定要防止瓜地积水，及时拔除田间病株烧毁。还有一种嫁接防病法，因为枯萎病菌具有明显的寄主专化性，西瓜专化型菌除侵染西瓜外，几乎不侵染其他瓜类，可利用这一特性嫁接栽培防治西瓜枯萎病。关键是要选择适宜的砧木：一是砧木与接穗亲和性好且稳定，成活率高；二是对果实品质风味无不良影响。目前生产上多用云南黑籽南瓜或葫瓜（瓠瓜）为砧木。
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