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番荔枝根朽病指由 Ganoderma applanatum（树舌）、Ganoderma lucidum（灵芝）、Rigidoporus microporus、Fomitella supina等担子菌类引起的病害，在台东地区也经常可见，由于尚未全面调查，其分布范围及发生比率还不清楚，但以太麻里、华源地区较为常见。病菌可自根部侵入感染，导致根部腐朽，病菌逐渐往主干蔓延；也可自地际部主干侵入感染，而后往根、茎扩展。主干受感染后，木质部组织变成黑褐色，最后腐朽并转成近白色，罹病后期，植株的地际部会长出土黄或黄褐色子实体（菇体）。这类病害也导致植株黄化、衰弱终而枯死，地上部病征类似褐根立枯病，但罹病根部或地际部的病征与褐根立枯病不同，被害根通常不黏附土块、石粒，有时可见其上附着菌丝，但为灰白色或土黄色。根朽病的发生生态及防治策略与褐根立枯病相似。
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