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在我国南方地区，番木瓜育苗主要在秋冬进行，要想育出健壮种苗，关键在于做好防寒、防病虫与炼苗工作，并加强肥水管理。
一般用塑料营养袋育苗，营养袋的规格为高20厘米，宽15厘米。营养土的成分是9份塘泥、1份腐熟禽畜粪，充分混合后装入营养袋，每袋放入2～3粒番木瓜种子。如果要节省种子，可先将种子置于32～35℃条件下保温保湿，进行催芽处理，发芽后每个营养袋放1粒种子。一般播种不宜太深，播种后覆上一层泥土即可。当种子苗出土后，可以再覆上一层垃圾及腐熟猪牛粪混合的肥土，并保持土壤湿润，喷300倍胶体硫，每隔10天喷1次，共喷2～3次，以减少病害的发生。当出现2～3片真叶后，适当减少淋水次数，促根深生，每10天施1次水肥，如腐熟的稀释10倍的尿水。
由于在秋冬进行育苗，所以要做好防寒工作，一般盖塑料薄膜防寒，要求棚内温度不高于35℃，不低于5℃。白天温度过高时，要掀起薄膜，以便接收阳光和散热降温，晚上盖好防寒。当幼苗长出5片真叶，同时夜温不低于8℃时，要注意炼苗，也即逐渐打开薄膜，少施肥少淋水，这样，使苗木矮壮、根系发达。当苗高达20厘米左右，就可以出圃进行大田定植。
优良的番木瓜新品种具有“早结、丰产、优质、抗病”的特点。然而，一个优良的品种，必须具备优良的栽培方法，即所谓“良种良法”，才能充分发挥品种原有的特点和特性，培育“老、矮、壮”苗就是它的基础。
所谓“老、矮、壮”苗，其标准为：“老”，即保证有130～150天的苗期，叶片在13～15片以上，叶片厚而淡绿色；“矮”，即苗高在20～25厘米以下，节密，株高小于宽度(株冠直径)；“壮”，即茎秆粗壮，叶柄粗而坚挺，叶腋有侧芽，根系发达，透过营养杯可见发达、粗壮的白根，这时两片子叶仍没脱落。
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