菠菜易发生霜霉病和炭疽病。春、秋较多。防治方法，除注意合理密植、实行轮作、及时排水之外，在发病初期，应喷施40%乙磷铝可湿性粉剂200-300倍液，25%甲霜灵800-1000倍液防治，7-10天喷1次，连喷2-3次为宜。对炭疽病可喷65%代森锌可湿性粉剂500倍液，50%多菌灵800倍液，75%百菌清600倍液防治。
菠菜还易受潜叶蝇的为害。除了施充分腐熟的有机肥外，还应防止将虫源带入菠菜田。防治时，应掌握成虫产卵盛期及卵孵化始期，消灭幼虫于潜入叶肉之前。宜采用2.5%溴氰菊酯乳油或20%氰戊菊酯乳油3000倍液防治。
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