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1、采后处理系统番木瓜果皮非常薄，运输时的磨擦和撞击常能使脆弱的果皮损伤，导致病菌入侵，引起果实腐烂。番木瓜采后，必须进行防疫技术处理例如熏蒸处理等，以杀灭果蝇，并必须以包装进行运输。
2、热水浸果处理和蒸汽热处理热水处理法是用以控制果实腐烂和果蝇的一个措施。这一措施对当地市场销售番木瓜提供了保护，和对空运销售得到一定保护，然而，在地面远途运输和延长了贮运和销售时间的情况下，则必须配合杀菌剂和熏蒸联合处理才能获得成功。热水处理时是将番木瓜置于48℃的热水中浸泡20min，再放在流水中冷却20min，以减少贮藏期间炭疽病引起的腐烂。蒸汽热处理分为两个步骤。首先是番木瓜果实需要进行预处理。预处理方法是把果实放入温度44℃、相对湿度40%的房间内进行。
3、熏蒸处理番木瓜的熏蒸处理可在热水处理之前或之后进行。热水浸果与熏蒸处理相配合对番木瓜果蝇控制效果显著。熏蒸在不低于20℃温度的熏蒸室内进行。熏蒸剂量是，二溴化乙烯8g/立方米小室空间；不与热水处理相配合的熏蒸剂量要增加为16g/立方米。熏蒸时间均为2h。
4、辐射处理放射线辐射处理法是用放射性钴的γ射线对番木瓜果实进行辐射，以达到控制真菌、果蝇和延长贮藏寿命的目的。用27-75krd剂量辐射，对苏劳等品种番木瓜果实控制真菌和果蝇有效，推迟后熟速度，果皮颜色发展正常。辐射处理没有显著改变番木瓜的挥发成分、氨基酸、脂肪酸等的含量，而好处是提高果实品质和延长贮藏寿命。
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