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根据银杏茎腐病发病的原因，应以预防为主：适当提早播种；合理密播，每亩80至l00公斤；防治地下害虫；防止苗木的机械损伤；遮荫降温以降低对幼苗的危害；灌水喷水减少病害的发生。
药物和生物防治：结合灌水可喷洒各种杀菌剂如托布津、多菌灵、波尔多液等。也可6月中旬追施有机肥料时加入拮抗性放线菌，或追施1比4的草木灰和过磷酸钙并加入拮抗性放线菌。
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