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秋季芹菜栽培常见心叶腐烂坏死病害，即通常所说的“烧心”。主要原因一是由细菌引起的软腐病，而是因缺钙或缺硼而导致的生理性病害。其中软腐病在生产中最为常见。
芹菜软腐病主要发现在叶柄基部出现水渍状纺锤形或不规则形凹陷病斑，以后病斑呈黄褐色或黑褐色腐烂并发臭，干燥后呈黑褐色，严重时生长点烂掉，甚至全株枯。苗期主要表现是心叶腐烂坏死，呈“烧心”状。防止措施：1合理密植;追施的粪水腐熟；化肥不要与植株接触；采用抗病品种。2发病田块实行2―3年的轮作，并深翻晒田。3管理时避免伤根；发现病株及时拔除，并撒施石灰消毒。4药剂防治。发病初期喷洒72%农用链霉素可溶性粉剂或新植霉素3000―4000倍液，或14%络氨铜可湿性粉剂500―600倍液、95%CT（醋酸铜）水剂500倍液、30%DT杀菌剂400―500被液、抗菌素“401”1000倍液或1：0.5：160―200的波尔多液喷洒。
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