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冬瓜栽培中病害较多，如枯萎病、疫病、炭疽病等。笔者根据多年的生产经验，认为菜农应从病因入手，采取综合措施，最大限度地控制和减少病害的发生。
一、实行轮作，控制土壤传播
实行轮作，防病效果较好。种菜上规模的农户，应把菜田分成3～5区，实行分区轮作。面积小，也要把田地分成两区，隔年种瓜。轮作期间有条件的地方最好能种一年的水稻或水生作物，或种植如葱蒜等能分泌杀菌物质的作物，避免种植与瓜类有相近病害的作物。若实行育苗移栽，育苗地应选用多年未种过瓜的田地，袋装育苗更应使用无瓜类病害的肥土。还应注意清理瓜田，集中烧毁病株残体。若用瓜藤沤肥，最好实行高温堆沤，杀灭病菌；用瓜藤水沤成的肥不用在瓜田上。蚜虫是病毒病的传播者，应避免在瓜田旁种植易滋生蚜虫的作物。
二、改进施肥技术，重施有机肥
生物肥料与常规肥料的混合沤(浸)后使用，不但可提高肥效，而且通过有益微生物的大量增殖，提高土壤有效养分，使根际有益微生物的比例大大提高，从而增强对病菌的拮抗能力，抑制其致病力。通过在蔬菜上多年示范推广，果满多生物有机肥和科卡西生物有机肥与农家肥共同作底肥，以及作多次追肥(配施部分化肥)，不但肥效好，苗期及成株枯萎病、疫病发病率可显著降低(以轮作为前提，配合化学防治)。
除生态肥外，优质复合肥能提供冬瓜必须的氮磷钾，使有机肥的长效和化肥的速效相结合。冬瓜磷、钾营养临界期在苗期，因此基肥中必须含有足够的磷和钾。
不少瓜田前期死苗不多，但到瓜蔓上棚(架)后，死株猛然增多，甚至达50％以上。其原因是在高温多雨条件下与不当施用氮肥有关。已总结出的经验是：不要在大雨前施，也不要在雨后立即施；偏施过浓的速效氮肥，容易引起枯萎病和疫病。对过酸的土壤，施用石灰中和土壤酸性有助于提高抗病力。
三、高畦排水，选用抗病品种
冬瓜植株生长旺盛，叶片大，瓜大高产，消耗养分和水分均多。但冬瓜又不耐浸，多雨季节瓜田水分过饱和沤根，会引发多种病害。筑高畦，保证排水畅通是优质高产的基本要素；结瓜期间保证均匀浇(淋)水，对于瓜的正常生长也很重要。时干时湿，瓜形不正，品质差甚至停止发育。
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