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大棚栽植辣椒落花落果的原因很多，但综合起来，主要是营养不良、不利的气候条件和病虫为害造成的。
1.营养不良由于栽培管理措施不利，如栽培密度过大或氮肥施用过多，造成植株徒长，营养生长和生殖生长失去平衡，使辣椒花、果营养不足而脱落。大棚栽培中，辣椒较易徒长，因此落花落果是常见的现象。
2.不利的气候条件冬春季大棚中经常遇到光照不足，温度偏低的天气，影响授粉，即使授粉，果实也发育不良，易脱落，这在阴雨雪天气时表现更突出。大棚内通风不良，湿度过大时，造成辣椒花不能正常散粉，使授粉受精难以完成而造成落花落果。
3.病虫危害辣椒如发生病毒病、炭疽病、叶枯病等，也易引起落花落果。如感染病毒病后，常出现死顶现象，造成落花落果；烟青虫、棉铃虫蛀果，也易造成果实脱落。
防止落花落果应从加强栽培管理入手，主要是培育壮苗，适时定植，合理密植、科学施肥。定植后加强通风排湿，棚内白天温度保持25~28摄氏度，夜间15~18摄氏度，开花期最低为15摄氏度。棚内提倡膜下灌水，勿大水漫灌。通过科学的栽培管理，提高植株的抗逆能力，注意病虫害防治。除上述措施外，可用40~5Oppm的番茄灵、5Oppm奈乙酸喷、浸花，或用20~3Oppm的2，4-D涂抹花柄。
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