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1、青霉病和绿霉病：是柑桔果实贮运过程中为害最严重的真菌病害。常造成大量的腐烂，腐烂率一般为10-30%，严重时可达50%以上。发病初期果皮呈水渍状、软腐，不久表面出现白霉，中心产生青色或绿色的粉状霉层，外围有一圈白色霉带。两病往往先后发生，一般是青霉病侵染快，而绿霉病侵染慢，病部在高温高湿的条件下迅速扩展，致果实腐烂。
2、褐色蒂腐病：病菌自果蒂侵入，初为水学浸状，逐渐变为褐色，病菌侵入内部后，穿心蔓延到果脐部，有黄色汁液流出，并有恶臭。多发生于贮藏中后期。高温、高湿易于发病。
3、黑腐病：病菌自蒂部或脐部侵入，果皮呈不规则褐色病斑，果肉最终腐烂成黑色一团。
防治方法：四种病害的防治方法大致相同。防治四种病害应避免在雨后、浓雾或露水未干时采收；各个环节应尽量避免机械伤；贮藏库可用硫磺熏蒸和福乐马林消毒；果实采收后1-3天用稀释500-800倍的托布津或多菌灵加0.02%-0.025%的2，4-D洗果，也可用0.01%-0.02%的桔腐净或其它药剂浸洗果实；贮藏期间温度应控制在5-9℃，相对湿度保持在90%左右，气温贮藏时适当提高二氧化碳浓度。
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