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菜心可收主薹和侧薹。一般早熟种生育期短，主薹采收后不易萌生侧薹，中晚熟种在主薹采收后，还可发生侧薹，主薹采收适期为菜薹长到叶片顶端高度、先端有初花时，俗称“齐口花”。如未及齐口花采收，则薹嫩，影响产量；如超过适宜采收期，则薹变老，质量降低。优质菜薹应是薹粗、节间稀疏、薹叶少而细，顶部初花。
早熟种只采主薹时，采收节位应在主薹的基部。中晚熟主、侧薹兼收品种，采收时应在主薹基部留2～3片叶，以便萌发侧薹。如留叶过多，则侧薹萌发太多，造成侧薹纤细，质量下降。
菜心是不耐贮藏的鲜菜，采收后即需鲜货上市。需要远途运输时，采收后要整齐地码放在筐内，放到1～3℃的恒温室内，空气相对湿度保持在95％以上，预冷24小时后，采用具有泡沫塑料隔温层的专用纸箱包装，即可运输，如需短期贮存，可以存放在1～3℃的恒温库内，能保存4天。如在真空冷库内，可贮存10天左右，质量不受影响。
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