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一、埋藏法 在贮藏窖或室内，先铺6―9厘米的干沙子，摆放20―30厘米厚的无病、无虫、无机械损伤的辣椒，再铺放9―12厘米的沙子。如此堆放1―3层。也可用筐或木箱装辣椒，离箱、筐上口5―7厘米处覆盖湿润的泥沙。把筐、箱堆4―5层，在最高层覆盖30厘米厚湿润的泥沙。窖或室内保持贮藏适温，可贮藏50―60天。
二、窖藏法 选土质坚实、地势高燥的地块，挖地下窖。窖壁要坚实，底垫砖块，窖口用塑料薄膜封闭，防止雨淋和冻害。辣椒在窖内的存放形式有：
1、筐贮：将挑选好的辣椒放在筐中。筐内垫纸或薄包，装后加盖。将筐堆垛。
2、架贮：在窖内作成1―2米高的架子，分成3层。将辣椒平铺在架上。
3、散藏：在地面铺上稻草，上放辣椒30厘米厚，堆成一长条，上盖草苫子。窖内的蒲包、草苫子等均应保持湿润，并保持窖温7―9℃每15天可检查1次。
4、塑料薄膜气调贮藏法：
将经过挑选的辣椒装入消过毒的板条箱内，每箱装10公斤左右，按“丁”字形堆放。每垛堆48箱。最上层覆盖麻袋或牛皮纸等，防止水滴落在果上和避免光照直射辣椒。底层放生石灰5―7公斤，以吸收二氧化碳。外层罩上塑料膜帐子，密封隔绝外界空气后，即抽氧充入氮气。一开始把氧含量降到2―5%。经数天后，将氧调节在5%以内。呼吸产生的二氧化碳，用增加消石灰的办法吸收，使其含量也控制在5%以内。每隔10―12天揭帐倒动1次，擦干薄膜上的水滴，剔除腐烂果实。如无抽氧充氮装置，也可用自然降氧的方法。即利用果实自行呼吸使氧降低到5%左右。
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