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辣椒种子发芽适温25-30℃，低于15℃不易发芽。幼苗生长适宜温度白天25-27℃，夜间18-20℃。土温宜在18℃以上。
辣椒在长江中下游地区一般在10-11月播种，华北、东北2-4月播种，华南于12-1月播种。秧苗苗龄南方90-100天，北方60天左右。定植时，辣椒一般要求苗高18-25厘米，具9-14片真叶，子叶完整，叶大而厚，带大花蕾，根系发达。
辣椒种子能传播很多病害，播种前要进行种子消毒。辣椒可用干籽或湿籽、甚至催芽播种，每平方米苗床播种子15-20克。50%种子出苗时应立即揭去稻草和地膜，并在中午喷些水（为提高水温，把水提前放进棚内增温），防止“戴帽”。苗出齐后，白天揭去小拱棚上薄膜，多见光，中午适度能风，保持白天温度20-25℃，夜间15-18℃。床土不发白不浇水，浇水应在晴天中午进行，浇后通风排湿。
辣椒宜于二叶一心时移苗。一般移栽在营养钵内，每移一株。营养钵直径用8厘米×8厘米，每平方米130-140株。辣椒苗期管理主要是温度控制，白天保持23-25℃，夜间13-15℃，寒冷天气要注意保温防冻。要加强通风晴天或阴雨雪天，大棚内的小拱棚薄膜应揭开，以增加透光，增强秧苗抗性。随着秧苗的长大，对低温的适应能力逐渐增强，这一点有别于番茄和茄子。因此，温度的管理应是呈缓慢下降。整个成苗期，要保持床土温润，保持秧苗良好生长。辣椒苗期主要病虫害有猝倒病、灰霉病、菌核病、蚜虫，应及时防治。
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